Sekolah Tinggi Manajemen Informatika dan Komputer (STMIK) Widya Pratama di Pekalongan berdiri tahun 2002 berdasarkan SK Mendiknas Nomor : 149/D/O/2002 yang diselenggarakan oleh Yayasan Pendidikan Widya Pratama di Pekalongan. Dalam surat keputusan tersebut STMIK Widya Pratama diberikan ijin untuk menyelenggarakan pendidikan Program Studi Sistem Informasi dan Program Studi Teknik Informatika untuk jenjang program strata 1 (S1)

Namun, sebelumnya Yayasan Pendidikan Widya Pratama di Pekalongan telah mendapatkan kepercayaan dari pemerintah melalui Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Indonesia untuk menyelenggarakan Akademi Manajemen Informatika dan Komputer (AMIK) Widya Pratama di Pekalongan.

Program studi yang pertama kali diberikan ijin pengelenggaraan pendidikan adalah Program Studi Manajemen Informatika dengan status terdaftar berdasarkan SK Mendikbud Nomor: 157/D/O/1995. Pada tahun 1997, AMIK Widya Pratama Pekalongan menambah satu jurusan yaitu Komputerisasi Akuntansi dengan status terdaftar berdasarkan persetujuan dari Dirjen Dikti dengan SK Nomor: 173/DIKTI/Kep/1997. Sebagai salah satu bentuk pertanggungjawaban kepada pemerintah dan masyarakat maka AMIK Widya Pratama di Pekalongan menaikkan status dari terdaftar ke status disamakan untuk jurusan Manajemen Informatika

Dalam rangka efisiensi dan meningkatkan efektifitas pelayanan maka berdasarkan SK Mendiknas Nomor:75/D/O/2004 telah disetujui penggabungan AMIK Widya Pratama ke dalam STMIK Widya Pratama di Pekalongan. Dengan demikian mulai tahun akademik 2004/2005, STMIK Widya Pratama di Pekalongan menyelenggarakan Program Strata 1 (S1) untuk program studi Sistem Informasi dan program studi Teknik Informatika, sedangkan untuk Program Diploma 3 (D3) untuk program studi Manajemen Informatika dan program studi Komputerisasi Akuntansi.